En 2012, le calendrier Maya avait prédit la fin du monde tel que nous le connaissons. Ils n'avaient pas tort, le Génome Shinigami, issu de modification génétique sur des tomates, a faillit amener les humains au bord de l'extinction, décimant les deux tiers de la population mondiale et révélant l'existence au monde entier, de plusieurs espèces qui, jusqu’à présent, n’existaient que dans les légendes. Toutes les recherches génétiques ont été interdites et depuis, les survivant ont évolué...

2042, à Tokyo. Le Japon semble être un pays exemplaire, mais la paix y est plus fragile qu'il n'y paraît. Les humains ne parviennent plus à trouver leur place dans ce monde transformé, à présent dominé par les upyrs et les zoanthropes. Tandis que les membres de l'ASP sont persuadés d'être les mieux placés pour assurer la paix, leur oppression se fait de plus en plus sentir. Et pendant ce temps là, une nouvelle drogue sur le marché noir fait des ravages...